Der Bahnhof wurde im Jahre 1872 erbaut. Obwohl Wilhelmshaven im Jahre 1869 bereits seinen Namen erhielt, wurde der Bahnhof zunächst "Heppens" genannt. Im Jahre 1875 wurde er in "Wilhelmshaven" umbenannt.
Im Zweiten Weltkrieg teilweise zerstört und wieder aufgebaut, nutzte man ihn bis zur Bebauung des Platzes mit der Nordseepassage als Hauptbahnhof der Stadt.

Der Blick nach Norden entlang der Valoisstraße auf den Bahnhof und das Hotel Loheyde
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