Die Synagoge wurde am 7. September 1915 eingeweiht. Wie überall im Deutschen Reich, steckten man auch dieses jüdische Gotteshaus am 9. November in Brand. Doch das Feuer der Progromnacht zerstörte das Gebäude zunächst noch nicht. Erst ein zweites Feuer, das am Morgen des 10. Novembers gelegt wurde, verwüstete es.
Im November 1980 weihte die Stadt Wilhelmshaven am ehemaligen Standort der Synagoge den Synagogenplatz mit einem Gedenkstein ein.